Физико-технический факультет готовит специалистов для ведущих научно-исследовательских институтов СО РАН в областях современной ядерной и лазерной физики и для предприятий с наукоемкими технологиями. Подготовка осуществляется по физико-технической системе, аналогичной системе Московского Физико-Технического Института, согласно которой наряду с традиционным вузовским образованием студенты обучаются навыкам научно-исследовательской работы в штате лабораторий базовых институтов СО РАН.