Факультет лётной эксплуатации стоит у истоков первоначальной инженерной подготовки Университета гражданской авиации. Факультет был организован в 1996 году.
Подготовка студентов на Факультете лётной эксплуатации ведется по основным образовательным программам высшего образования – программам бакалавриата и программам специалитета в соответствии с федеральными государственными образовательными стандартами высшего образования.