Институт агроэкологических технологий создан в ноябре 2007 года на базе двух факультетов — агрономического и эколого-биотехнологического.
В настоящее время в составе института агроэкологических технологий функционирует 6 кафедр: ботаники, физиологии и защиты растений, почвоведения и агрохимии, общего земледелия, растениеводства и плодоовощеводства, ландшафтной архитектуры и агроэкологии, экологии и естествознания.